So với việc thực hiện BCQT thì việc giải trình báo cáo sẽ khó hơn nhiều. Hiện nay, có nhiều doanh nghiệp không có sự phân công rõ ràng về bộ phận sẽ chịu trách nhiệm lập BCQT. Quy định về phối kết hợp giữa các bộ phận trong nội bộ khi lập BCQT chưa được các công ty quan tâm đúng mực.
Để lập đúng BCQT, cần dựa trên số liệu thực tế và chứng minh bởi các chứng từ, sổ sách kế toán của doanh nghiệp theo quy định của chế độ kế toán kiểm toán (Bộ Tài chính). Những dữ liệu về khai báo hải quan của loại hình gia công, SXXK không đủ cơ sở để lập BCQT theo quy định của Thông tư 39.
Theo quy định, báo cáo định mức của sản phẩm xuất khẩu nộp cho cơ quan hải quan là định mức thực tế của sản phẩm xuất khẩu trong năm (theo Mẫu 16/ĐMTT/GSQL ban hành kèm theo TT 39). Toàn bộ thông tin về định mức thực tế của sản phẩm xuất khẩu phải phù hợp với mã nguyên phụ liệu, mã sản phẩm xuất khẩu theo khai báo hải quan. Để hiểu đúng và lập đúng được báo cáo định mức này cũng không dễ dàng đối với doanh nghiệp không có hệ thống quản trị nội bộ tốt.
Từ đó, việc doanh nghiệp thường gặp những rủi ro và sai sót trong công tác quản trị nhập - xuất - tồn như: Doanh nghiệp chưa có sự thống nhất đơn vị đầu mối chính phụ trách hoạt động báo cáo cho cơ quan hải quan; Hiểu chưa đúng các hướng dẫn về các chỉ tiêu thông tin trên BCQT (các chỉ tiêu thông tin có liên quan đến hoạt động sản xuất của Công ty- thông tin về hoạt động XNK chỉ là các thông tin để kiểm tra, đối chiếu); Sai sót trong quá trình làm thủ tục hải quan gồm Mã NVL, mã TP trên tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu với mã tại bộ phận kế toán, Đơn vị tính về số lượng, trọng lượng (VD: vải – kg/yard, …) và tờ khai sửa, hủy sau thông quan.
Sai sót trong theo dõi kế toán: Tách nguồn NVL theo các loại hình XNK: miễn thuế, không chịu thuế; kinh doanh nộp thuế; mua, cung ứng nội địa, …; Mã kế toán của NVL, TP với mã trên tờ khai hải quan; Các trường hợp không thực hiện thủ tục hải quan nhưng vẫn phải lưu giữ các chứng từ kế toán.
Và một số sai sót khác: Thiếu tính liên kết giữa bộ phận kế toán/kho và bộ phận XNK; Xuất, nhập kho (NVL + TP) thừa/thiếu so với thông tin trên tờ khai hải quan; Các hoạt động sản xuất diễn ra trong kho nhưng bộ phận kế toán không thông báo cho XNK; Nguyên liệu xuất kho vào nhiều mục đích khác với mục đích sản xuất (xuất bù nguyên liệu so với định mức kỹ thuật nhưng không hạch toán vào chi phí sản xuất, xuất đưa đi gia công lại ở nội địa, xuất tiêu dùng cho hoạt động của doanh nghiệp, xuất bán nguyên liệu, xuất bán phế liệu, xuất khác (tiêu hủy, biếu tặng...) nhưng kế toán không thông báo cho XNK biết; Sản xuất thực tế khác với các thông tin báo cáo cho kế toán: cấp phát thừa thu hồi không thông báo, sản xuất thiếu phải cấp bù không thông báo...; Hàng hoá thực tế xuất kho thừa, hoặc thiếu số lượng, hoặc khác chủng loại so với khai báo hải quan; Một số hàng hoá xuất kho vào mục đích khác xuất khẩu nhưng kế toán không hạch toán có tài khoản 155, mà hạch toán vào các tài khoản khác; Do thiếu nhất quán giữa bộ phận kho và kế toán dẫn đến số liệu tồn kho thực tế khác biệt so với tồn kho sổ sách kế toán và tồn kho XNK(nguyên nhân không xác định được).
Vì vậy, việc chuẩn hóa hệ thống quản trị dữ liệu xuất nhập theo hoạt động gia công và sản xuất xuất khẩu tại các doanh nghiệp là cần thiết. Đầu tiên là việc doanh nghiệp cần ban hành quy ước đặt mã nguyên liệu, vật tư; mã sản phẩm trước khi thực hiện hoạt động SXXK, hoạt động gia công và cần dựa trên nguyên tắc tất cả các bộ phận quản lý trong nội bộ thống nhất dùng chung mã nguyên liệu, vật tư; mã sản phẩm.
Hệ thống quản trị nội bộ phải đáp ứng được việc theo dõi nguyên liệu vật tư nhập kho (theo nguồn nhập khẩu có chi tiết theo mã loại hình và theo nguồn mua trong nước), việc sử dụng nguyên liệu vật tư phải theo nguồn gốc hình thành của nguyên liệu.
Sau cùng là giao nhiệm vụ cụ thể cho một bộ phận chịu trách nhiệm lập báo cáo định mức thực tế của sản phẩm xuất khẩu, BCQT theo quy định của Thông tư 39. Trong đó phải xác định rõ nhân sự chịu trách nhiệm chính khi lập BCQT; nhân sự phụ trách lập dữ liệu theo từng cột số liệu của báo cáo; quy định phối kết hợp trong việc lập BCQT giữa các bộ phận./.