Hải quan thắt chặt quy trình kiểm tra sau thông quan năm 2026

Năm 2026, Hải quan chính thức siết chặt quy trình kiểm tra sau thông quan, chuyển trọng tâm từ kiểm tra hồ sơ sang đối soát dữ liệu tổng thể bằng công nghệ và quản lý rủi ro. Doanh nghiệp không chỉ đối mặt với tần suất hậu kiểm cao hơn, mà còn với mức độ soi chiếu sâu hơn về BCQT, trị giá, mã HS, xuất xứ (C/O) và tính tuân thủ xuyên suốt nhiều năm. Hiểu đúng quy trình kiểm tra sau thông quan ngay từ đầu là yếu tố quyết định để tránh truy thu, xử phạt và gián đoạn hoạt động sản xuất - xuất nhập khẩu.

1. Đổi mới quy trình kiểm tra sau thông quan chuyên nghiệp hơn

Trong năm 2025, các quy định mới về kiểm tra sau thông quan được đẩy mạnh và tạo ra những bước chuyển lớn trong quản lý hải quan, được kỳ vọng áp dụng chặt chẽ vào năm 2026. Việc thắt chặt không chỉ là tăng số lượng các cuộc kiểm tra mà là tăng độ chính xác nhờ công nghệ:

• Hệ thống quản lý thông minh: Hải quan áp dụng AI để đối soát dữ liệu chéo giữa tờ khai, báo cáo quyết toán và hệ thống thuế nội địa.
• Siết chặt xuất xứ (C/O): Trong bối cảnh các hiệp định FTA (EVFTA, CPTPP) đi vào giai đoạn thực thi sâu, việc kiểm tra quy tắc xuất xứ để chống lẩn tránh thuế là ưu tiên hàng đầu.
• Tăng cường hậu kiểm tại trụ sở người khai hải quan: Thay vì chỉ kiểm tra tại cơ quan, các đoàn kiểm tra sẽ trực tiếp xuống nhà máy để xác minh dây chuyền sản xuất và định mức thực tế.

Đặc biệt, mới đây, Cục Hải quan đã ban hành quy trình kiểm tra sau thông quan mới giúp siết chặt các công việc quản lý nhằm tạo điều kiện thuận lợi, thúc đẩy phát triển hoạt động xuất nhập khẩu theo Quyết định 2123/QĐ-CHQ, được áp dụng từ ngày 01/2/2026. Quyết định này đưa ra các trình tự, thời hạn và trách nhiệm của các đơn vị trong hoạt động kiểm tra thông quan cần được thống nhất ra sao để khắc phục triệt để tình trạng chưa đồng đều.

2. Cập nhật quy trình kiểm tra sau thông quan theo quyết định 2123

Theo quyết định 2123/QĐ-CHQ, quy trình kiểm tra sau thông quan mới được nêu riêng biệt giữa hai hình thức: kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan và kiểm tra tại trụ sở người khai hải quan. Cụ thể như sau:

2.1. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan

Tại điều 10, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan thuộc chương II quy định quy trình kiểm tra gồm 08 bước sau:

Bước 1: Đề xuất kiểm tra

Bước 2: Phê duyệt đề xuất và ban hành Quyết định

Bước 3: Xây dựng kế hoạch phân công kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan

Bước 4: Tiến hành kiểm tra

Bước 5: Báo cáo kết quả kiểm tra (trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi kết thúc kiểm tra)

Bước 6: Thông báo kết quả kiểm tra (trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày kết thúc kiểm tra)

Bước 7: Rà soát các vi phạm tương tự vừa được kết luận và kiểm tra (trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký làm tờ khai hải quan).

Bước 8: Xử lý kết quả kiểm tra.

2.2. Kiểm tra tại trụ sở người khai hải quan

Tại điều 11, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan thuộc chương III quy định quy trình kiểm tra gồm 09 bước sau:

Bước 1: Đề xuất kiểm tra

Bước 2: Phê duyệt đề xuất, ban hành Quyết định kiểm tra sau thoogn quan

Bước 3: Xây dựng kế hoạch phân công kiểm tra tại trụ sở người khai hải quan

Bước 4: Tiến hành kiểm tra

Bước 5: Báo cáo kết quả kiểm tra (trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi kết thúc kiểm tra)

Bước 6: Dự thảo kết quả kiểm tra (trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày kết thúc kiểm tra)

Bước 7: Giải trình của người khai hải quan (trong vòng 10 ngày sau khi kết thúc kiểm tra)

Bước 8: Kết luận kiểm tra sau thông quan

Bước 9: Xử lý kết quả kiểm tra

3. Một số sai sót trong báo cáo quyết toán dẫn đến “hậu kiểm”

Trên thực tế, phần lớn các cuộc kiểm tra sau thông quan không bắt đầu từ nghi ngờ gian lận, mà xuất phát từ những sai lệch nhỏ, lặp lại nhiều năm trong BCQT. Khi dữ liệu được đối soát tự động, các sai sót này nhanh chóng trở thành tín hiệu rủi ro.

Các lỗi thường gặp gồm:

• Chênh lệch nhập - xuất - tồn giữa BCQT và thực tế: Số liệu tồn kho trên báo cáo không khớp với thực tế sản xuất, đặc biệt là âm tồn, tồn ảo hoặc lệch theo từng mã nguyên phụ liệu. Đây là dấu hiệu rủi ro cao khiến Hải quan ưu tiên hậu kiểm tại trụ sở doanh nghiệp.
• Sai định mức tiêu hao so với quy trình sản xuất thực tế: Định mức khai báo không phản ánh đúng tỷ lệ hao hụt, tái sử dụng, bán thành phẩm hoặc phế liệu. Khi Hải quan xuống nhà máy đối chiếu, sự khác biệt giữa định mức trên giấy và dây chuyền thực tế rất dễ bị phát hiện.
• Không nhất quán giữa BCQT và dữ liệu thuế nội địa: Doanh thu, chi phí, giá vốn trên báo cáo thuế không khớp với số liệu nhập - xuất nguyên liệu trong BCQT. Việc lệch dữ liệu giữa hai hệ thống là nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp bị đưa vào diện kiểm tra chuyên sâu.
• Sai sót liên quan đến xuất xứ và ưu đãi thuế: Doanh nghiệp hưởng ưu đãi FTA nhưng không kiểm soát được tỷ lệ nội địa hóa, nguồn gốc nguyên liệu hoặc không lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh. Khi bị hậu kiểm, rủi ro truy thu thuế và bác ưu đãi là rất lớn.
• BCQT nộp đúng hạn nhưng thiếu soát xét trước: Nhiều doanh nghiệp coi việc nộp BCQT là thủ tục hành chính bắt buộc, không thực hiện tra soát trước khi nộp. Sai sót chỉ được phát hiện khi đoàn hậu kiểm vào làm việc, lúc này chi phí xử lý và rủi ro pháp lý đã tăng cao.

4. Giải pháp dành cho các doanh nghiệp 

Trước xu hướng Hải quan siết chặt kiểm tra sau thông quan năm 2026, doanh nghiệp cần chuyển sang quản trị rủi ro chủ động. Giải pháp hiệu quả nằm ở việc kiểm soát dữ liệu trước khi Hải quan kiểm tra, thay vì xử lý bị động khi đoàn hậu kiểm đã xuống doanh nghiệp:

1 - Tra soát BCQT trước khi nộp để phát hiện rủi ro sớm

Doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ chuỗi nhập - xuất - tồn, định mức, mã HS, trị giá và dữ liệu thuế nội địa nhằm phát hiện các chênh lệch có thể bị hệ thống Hải quan gắn cờ. Việc tra soát độc lập trước nộp giúp giảm đáng kể nguy cơ bị đưa vào diện hậu kiểm chuyên sâu.

2 - Chuẩn hóa BCQT theo dữ liệu thực tế sản xuất, không chỉ theo sổ sách

BCQT cần phản ánh đúng vận hành tại nhà máy: quy trình sản xuất, tỷ lệ hao hụt, phế liệu, bán thành phẩm. Trong bối cảnh Hải quan tăng cường hậu kiểm tại trụ sở doanh nghiệp, việc “đúng trên giấy nhưng lệch ngoài thực tế” là rủi ro lớn nhất.

3 - Rà soát hồ sơ xuất xứ và điều kiện hưởng ưu đãi FTA

Doanh nghiệp đã và đang hưởng ưu đãi thuế cần kiểm tra lại tính nhất quán giữa C/O, nguồn nguyên liệu, định mức và BCQT. Đây là nhóm nội dung thường bị truy ngược nhiều năm trong các cuộc hậu kiểm 2026.

4 - Nâng cao năng lực nội bộ về BCQT và hậu kiểm

Việc đào tạo đội ngũ XNK - kế toán - sản xuất giúp doanh nghiệp hiểu rõ bản chất BCQT, nhận diện sớm sai sót và chủ động xử lý trước khi cơ quan Hải quan vào cuộc. Với các doanh nghiệp chưa đủ nguồn lực hoặc nguồn lực sẵn có chưa đủ chuyên sâu, việc đăng ký tham gia đào tạo BCQT thực hành giải pháp tối ưu để giảm rủi ro hệ thống.

5 - Sử dụng dịch vụ tra soát hoặc làm BCQT chuyên sâu khi cần thiết

Doanh nghiệp muốn tối ưu nên ưu tiên sử dụng dịch vụ làm BCQT trọn gói của các đơn vị uy tín, có kinh nghiệm chuyên sâu bên ngoài nhằm đảm bảo độ chính xác của báo cáo cũng như kiểm soát rủi ro trước khi bị hậu kiểm, thay vì xử lý bị động khi Hải quan đã vào làm việc.

InterLOG là đơn vị cung cấp dịch vụ Đào tạo và làm Báo cáo quyết toán Hải quan uy tín, chuyên sâu với đội ngũ chuyên gia 15 - 20 năm kinh nghiệm trực tiếp tra soát giúp doanh nghiệp phát hiện sai lệch trước khi Hải quan kiểm tra. Chương trình đào tạo 80% thực hành trên chính số liệu doanh nghiệp, bám sát tình huống hậu kiểm thực tế.  Đây là giải pháp phù hợp cho doanh nghiệp muốn chủ động tuân thủ, hạn chế truy thu và xử phạt trong giai đoạn hậu kiểm ngày càng siết chặt.

Năm 2026 đánh dấu giai đoạn quy trình kiểm tra sau thông quan được thực hiện chuyên sâu, dựa trên dữ liệu và thực tế sản xuất. Doanh nghiệp không chuẩn hóa BCQT và kiểm soát rủi ro từ sớm sẽ dễ bị truy thu, xử phạt khi Hải quan hậu kiểm. Chủ động rà soát, đào tạo và chuẩn bị BCQT bài bản là cách tối ưu để không bị động trong bối cảnh này.