Thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa 2025 và quy trình mới nhất

Thủ tục hải quản là quy trình quan trọng trong xuất nhập khẩu, đảm bảo hàng hóa được thông quan thuận lợi. Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết quy trình 5 bước làm thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa 2025, cùng những cập nhật mới nhất về bộ chứng từ, chi phí và các quy định cần biết. Hãy cùng theo dõi!

1. Thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa là gì?

Thủ tục hải quan xuất khẩu là tập hợp các công việc, quy định mà người khai hải quan và cán bộ hải quan thực hiện để hàng hóa được phép xuất khẩu ra khỏi lãnh thổ Việt Nam, bao gồm chuẩn bị chứng từ, khai báo tờ khai hải quan điện tử, lấy kết quả phân luồng,... Mục đích là để hàng hóa được xuất khẩu hợp pháp, đảm bảo tuân thủ pháp luật và thu thuế (nếu có).

2. Quy trình làm thủ tục hải quan xuất khẩu (Cập nhật mới nhất 2025)

Để thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa đúng quy định và hạn chế rủi ro bị kiểm tra, doanh nghiệp cần tuân thủ tuần tự các bước theo quy trình chuẩn. Dưới đây là các bước thực hiện chi tiết mà doanh nghiệp cần nắm rõ.

2.1. Bước 1: Chuẩn bị hàng hóa và bộ chứng từ cần thiết 

Để thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa đúng quy định, doanh nghiệp cần bắt đầu bằng việc chuẩn bị hàng đúng chuẩn và bộ hồ sơ chứng từ theo yêu cầu của pháp luật. Tiếp theo, doanh nghiệp cần phân loại đúng mặt hàng theo mô tả, mã HS và kiểm tra xem hàng có thuộc danh mục cấm xuất khẩu hoặc xuất khẩu có điều kiện theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP (quy định chi tiết Luật Quản lý ngoại thương). Đồng thời, kiểm tra các yêu cầu về kiểm dịch, hun trùng, kiểm tra chất lượng, nếu thuộc nhóm hàng nông sản, thực phẩm, gỗ, máy móc cũ…
Theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) về hồ sơ hải quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị tối thiểu các chứng từ sau:

• Tờ khai hải quan điện tử (trên hệ thống VNACCS).

• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)

• Phiếu đóng gói (Packing List).

• Hợp đồng mua bán (Sales Contract) 

• Xác nhận đặt chỗ (Booking Confirmation) 

• Chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu hàng xin ưu đãi thuế theo FTA.

• Giấy phép xuất khẩu (nếu hàng thuộc diện quản lý chuyên ngành) theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP.

• Giấy chứng nhận kiểm dịch/kiểm tra chất lượng, tùy theo mặt hàng.

2.2. Bước 2: Khai và truyền tờ khai hải quan điện tử (VNACCS/VCIS)

Sau khi chuẩn bị đầy đủ hàng hóa và bộ chứng từ, doanh nghiệp tiến hành khai báo tờ khai hải quan điện tử - bước quan trọng trong thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa. Việc khai báo được thực hiện thông qua Hệ thống VNACCS/VCIS theo chuẩn của cơ quan Hải quan Việt Nam. Doanh nghiệp hoặc đại lý hải quan kê khai các thông tin về người xuất khẩu, người nhập khẩu, cung cấp thông tin về hàng hóa như tên hàng, số lượng, đơn giá, thành tiền và nộp hồ sơ hải quan trực tuyến.
Sau khi khai báo, hệ thống sẽ phân luồng hàng hóa theo ba luồng: Luồng xanh, Luồng vàng, hoặc Luồng đỏ.

• Luồng xanh: Hàng hóa được thông quan ngay mà không cần kiểm tra thực tế hàng hóa.

• Luồng vàng: Hải quan sẽ kiểm tra hồ sơ giấy, nhưng không kiểm tra hàng hóa thực tế.

• Luồng đỏ: Hàng hóa phải trải qua cả kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế.

2.3. Bước 3: Nộp thuế và phí hải quan

Doanh nghiệp cần thực hiện nghĩa vụ nộp thuế xuất nhập khẩu và các loại lệ phí liên quan (nếu có). Các loại thuế thường bao gồm:

• Thuế xuất nhập khẩu.

• Thuế giá trị gia tăng (VAT).

• Thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có).

• Thuế bảo vệ môi trường (nếu có).

Việc đóng thuế và lệ phí có thể thực hiện qua hệ thống ngân hàng hoặc tại các cửa khẩu hải quan.

2.4. Bước 4: Kiểm tra và thông quan hàng hóa

Nếu hàng hóa bị phân vào luồng vàng hoặc luồng đỏ, chủ hàng hoặc đại lý phải nộp bản giấy của bộ hồ sơ cho hải quan để kiểm tra.

• Nếu tờ khai luồng vàng: Hải quan chỉ kiểm tra hồ sơ.

• Nếu tờ khai luồng đỏ: Hải quan kiểm tra thực tế hàng hóa (cân, đo, kiểm đếm) và hồ sơ giấy.

Sau khi hoàn thành các thủ tục kiểm tra và đóng thuế đầy đủ, cơ quan hải quan sẽ cấp phép thông quan hàng hóa. Doanh nghiệp có thể nhận hàng từ cảng hoặc kho lưu trữ.

2.5. Bước 5: Lưu trữ hồ sơ

Sau khi hoàn tất thủ tục hải quan, doanh nghiệp cần phải lưu trữ toàn bộ hồ sơ liên quan trong một khoảng thời gian nhất định theo quy định của pháp luật (thường là 5 năm). Hồ sơ này cần thiết để phục vụ cho việc kiểm tra sau thông quan và đối chiếu sau này.

3. Trọn bộ hồ sơ hải quan xuất khẩu bắt buộc (Theo quy định mới nhất)

Để hoàn thiện trọn bộ hồ sơ hải quan xuất khẩu theo quy định mới nhất, doanh nghiệp cần nắm rõ từng nhóm chứng từ bắt buộc. Các loại giấy tờ dưới đây là nền tảng để cơ quan hải quan kiểm tra, đối chiếu và thông quan lô hàng. 

3.1. Chứng từ bắt buộc cho hầu hết các lô hàng

Khi thực hiện thủ tục hải quan, doanh nghiệp phải chuẩn bị bộ chứng từ xuất khẩu theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC). Các chứng từ chính bao gồm:

• Tờ khai hải quan điện tử được khai trên hệ thống VNACCS/VCIS.

• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): Thể hiện giá trị hàng hóa dùng để khai trị giá hải quan.

• Phiếu đóng gói (Packing List): Liệt kê chi tiết số kiện, trọng lượng, quy cách hàng hóa.

• Hợp đồng mua bán (Sales Contract): Chứng minh giao dịch thương mại giữa bên bán và bên mua.

• Booking Confirmation: Từ hãng tàu hoặc đại lý vận chuyển, xác nhận chỗ trên tàu

• Giấy phép xuất khẩu (nếu mặt hàng thuộc diện quản lý theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP).

• Chứng nhận xuất xứ (C/O): Áp dụng khi doanh nghiệp xin ưu đãi thuế theo các Hiệp định thương mại tự do (FTA).

Các chứng từ trên là bắt buộc đối với phần lớn lô hàng xuất khẩu. Doanh nghiệp cần đảm bảo tính đầy đủ, chính xác và thống nhất giữa các chứng từ để tránh bị yêu cầu sửa đổi hoặc kiểm tra bổ sung trong quá trình thông quan.

3.2. Chứng từ tùy theo mặt hàng (Cập nhật theo yêu cầu mới)

Trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa, ngoài bộ chứng từ bắt buộc, doanh nghiệp có thể phải chuẩn bị thêm các chứng từ chuyên ngành tùy theo từng loại mặt hàng. Các yêu cầu này được quy định tại Nghị định 69/2018/NĐ-CP, Luật Quản lý ngoại thương và các văn bản pháp luật chuyên ngành.

Những chứng từ tùy theo mặt hàng thường bao gồm:

• Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (Phytosanitary Certificate):

Áp dụng cho nông sản, hạt giống, gỗ nguyên liệu…

• Giấy chứng nhận kiểm dịch động vật/thủy sản:

Bắt buộc với hàng động vật sống, sản phẩm động vật và thủy sản khi làm thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa.

• Giấy chứng nhận hun trùng (Fumigation Certificate):

Cần thiết cho hàng có vật liệu gỗ, pallet gỗ theo tiêu chuẩn ISPM 15, đặc biệt là hàng xuất khẩu sang các thị trường khó tính.

• Giấy phép xuất khẩu chuyên ngành:

Áp dụng với hàng thuộc danh mục quản lý đặc biệt như khoáng sản, hóa chất, phế liệu, vật liệu nổ…
Đây là một yêu cầu quan trọng trong thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa, căn cứ theo Phụ lục của Nghị định 69/2018/NĐ-CP.

• Chứng thư kiểm định chất lượng (CQ/CA):

Bắt buộc với thiết bị, máy móc cũ hoặc hàng thuộc diện kiểm tra chất lượng nhà nước theo Luật Chất lượng sản phẩm hàng hóa.

• Chứng nhận kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm:

Áp dụng đối với thực phẩm, đồ uống, gia vị và hàng có tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm. 

• Chứng thư giám định theo yêu cầu đối tác (nếu có):

Do Vinacontrol, SGS hoặc tổ chức giám định độc lập cung cấp để bổ sung hồ sơ xuất khẩu.

Việc chuẩn bị đúng và đầy đủ các chứng từ chuyên ngành giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian hoàn tất thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa, hạn chế rủi ro bị phân vào luồng vàng hoặc luồng đỏ và đảm bảo tính tuân thủ pháp luật.

4. Các loại thuế và chi phí cần biết khi làm thủ tục xuất khẩu

Khi thực hiện thủ tục xuất khẩu, ngoài hồ sơ và quy trình khai báo, doanh nghiệp cũng cần nắm rõ các loại thuế và chi phí liên quan để kê khai chính xác và tránh phát sinh rủi ro. Dưới đây là những khoản thuế quan trọng nhất mà doanh nghiệp phải lưu ý khi xuất khẩu hàng hóa.

4.1. Thuế xuất khẩu và thuế VAT

Trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa, doanh nghiệp cần hiểu rõ chính sách thuế áp dụng cho hàng xuất khẩu. Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (được sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15), phần lớn hàng hóa xuất khẩu có thuế suất 0%, trừ một số nhóm đặc biệt như khoáng sản, phế liệu kim loại, than, gỗ… vẫn thuộc diện chịu thuế theo Biểu thuế của Chính phủ.
Đồng thời, theo Thông tư 219/2013/TT-BTC, hàng xuất khẩu được áp dụng thuế VAT 0% khi đáp ứng đủ điều kiện: có hợp đồng xuất khẩu, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tờ khai hải quan đã thông quan. Việc nắm rõ chính sách thuế giúp doanh nghiệp kê khai chính xác, tránh sai sót và tối ưu chi phí trong quá trình xuất khẩu.

4.2. Các loại phí và lệ phí khác

Khi thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa, ngoài thuế xuất khẩu và thuế VAT, doanh nghiệp có thể phát sinh thêm một số phí và lệ phí tùy theo tuyến vận chuyển và quy định của từng địa phương:

• Lệ phí hải quan:

Thu theo Thông tư 14/2024/TT-BTC, áp dụng cho việc đăng ký tờ khai, kiểm tra và xác nhận thông quan.

• Phí hạ tầng cảng biển:

Quy định theo từng tỉnh, thành phố (như TP.HCM, Hải Phòng). Mức phí tùy vào loại hàng và phương tiện, áp dụng cho hàng xuất khẩu – nhập khẩu ra/vào cảng.

• Chi phí kiểm dịch, hun trùng (nếu có):

Đặc biệt áp dụng cho nông sản, gỗ, thủy sản… theo yêu cầu kiểm dịch thực vật, kiểm dịch động vật hoặc tiêu chuẩn ISPM 15.

• Chi phí nâng/hạ container (THC):

Do cảng hoặc depot thu, thường phát sinh khi hàng phải kiểm hóa thuộc luồng đỏ hoặc khi xuất khẩu container nguyên (FCL).

• Phí giám sát hoặc bốc xếp nội bộ (nếu phát sinh):

Áp dụng trong một số trường hợp hải quan yêu cầu soi chiếu, kiểm tra lại hoặc thay đổi địa điểm kiểm hóa.

Các khoản phí trên là một phần quan trọng của chi phí thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa, giúp doanh nghiệp dự trù ngân sách và tránh phát sinh bất ngờ trong quá trình xuất khẩu.

5. Các câu hỏi thường gặp về thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa

Nhằm hiểu hơn về quy trình thủ tục hải quan để xuất khẩu hàng, hãy cùng theo dõi giải đáp một số băn khoăn thường gặp dưới đây:

5.1. Thời gian làm thủ tục hải quan xuất khẩu mất bao lâu?

Thông thường, thời gian làm thủ tục hải quan xuất khẩu dao động từ 2 giờ đến 1 ngày, tùy vào luồng kiểm tra mà tờ khai được phân:

• Luồng xanh:

Doanh nghiệp sẽ được thông quan hàng hóa ngay lập tức mà không cần kiểm tra thực tế hàng hóa hay kiểm tra hồ sơ giấy. Do đó, thời gian hoàn thành thủ tục hải quan chỉ trong khoảng 15 - 30 phút.

• Luồng vàng:

Hải quan sẽ yêu cầu kiểm tra hồ sơ giấy, do đó doanh nghiệp phải nộp đầy đủ giấy tờ để hải quan xét duyệt. Nếu hồ sơ đầy đủ và không có sai sót, quá trình sẽ diễn ra nhanh chóng. Thời gian hoàn thành thường từ 2 - 4 giờ, nhưng có thể kéo dài nếu hồ sơ phức tạp.

• Luồng đỏ:

Nếu tờ khai bị luồng đỏ, hải quan sẽ yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa, thường bao gồm việc cân đo, kiểm tra mã hàng, loại hàng, số lượng, và đối chiếu với hồ sơ. Quá trình này thường mất thời gian hơn do phải phối hợp với nhiều đơn vị liên quan, nên thời gian được thông quan có thể phải mất khoảng 1 - 2 ngày.

Ngoài ra, thời gian có thể kéo dài hơn nếu hồ sơ bị thiếu hoặc sai sót, hay gặp cao điểm tại cảng hoặc hệ thống VNACCS quá tải.

5.2. Doanh nghiệp có thể tự làm thủ tục hải quan không?

Có. Doanh nghiệp hoàn toàn có thể tự làm thủ tục hải quan, miễn là có mã số thuế, chữ ký số, và tài khoản đăng ký trên hệ thống VNACCS/VCIS theo Luật Hải quan 2014. Doanh nghiệp tự khai báo tờ khai, nộp chứng từ và làm việc trực tiếp với cơ quan hải quan.
Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp không có nhân sự am hiểu quy trình hoặc hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành, nên sử dụng dịch vụ đại lý hải quan được Tổng cục Hải quan cấp phép để tránh sai sót, chậm thông quan hoặc rủi ro bị xử phạt.

5.3. Những lỗi sai thường gặp nhất khi khai báo là gì?

Dưới đây là các lỗi phổ biến nhất mà doanh nghiệp dễ mắc phải khi khai báo hải quan, dẫn đến bị phân luồng vàng/đỏ, chậm thông quan hoặc bị xử phạt:

• Khai sai mã HS (mã số hàng hóa)

• Khai sai hoặc thiếu thông tin trên tờ khai

• Sai lệch giữa chứng từ và thực tế hàng hóa

• Thiếu chứng từ chuyên ngành

• Không kiểm tra chính sách mặt hàng theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP

• Nhập sai thông tin booking hoặc số vận đơn dự kiến

• Không nộp chứng từ theo đúng chuẩn dữ liệu VNACCS

• Chậm nộp thuế hoặc lệ phí

5.4. Vì sao nên sử dụng dịch vụ khai báo hải quan xuất khẩu của InterLOG?

Được thành lập từ năm 2005, với hơn 20 năm kinh nghiệm đồng hành cùng các doanh nghiệp trong nước và quốc tế, đặc biệt là các nhà máy lớn có vốn đầu tư FDI. Do đó, InterLOG có nhiều lợi thế trong dịch vụ khai báo hải quan xuất khẩu như: 

• InterLOG là một trong những đơn vị tiên phong được cấp phép đại lý hải quan tại Việt Nam, cung cấp dịch vụ khai báo tuân thủ và đáng tin cậy cho hàng xuất nhập khẩu.
• Với hơn 17 năm kinh nghiệm, InterLOG thực hiện khoảng 20.000+ tờ khai/năm và xử lý 15.000+ lô hàng/năm, giúp doanh nghiệp yên tâm về độ chính xác và tính ổn định khi làm thủ tục.
• InterLOG không chỉ khai tờ khai mà còn tư vấn chính sách mặt hàng, mã HS, thuế, C/O, kiểm tra chuyên ngành… theo đúng quy định hiện hành, giúp giảm rủi ro bị phân luồng vàng/đỏ hoặc bị yêu cầu bổ sung hồ sơ.
• Ứng dụng kinh nghiệm và quy trình chuyên nghiệp để đẩy nhanh tiến độ khai báo - thông quan, tránh trễ lịch tàu/booking và giảm phát sinh tại cảng.
• Khách hàng có thể theo dõi tiến trình lô hàng và nhận cập nhật kịp thời; đồng thời InterLOG hỗ trợ xử lý các tình huống như kiểm hóa, soi chiếu, bổ sung hồ sơ, thay đổi lịch tàu…
• InterLOG cung cấp đồng bộ các dịch vụ logistics - hải quan - vận tải nội địa/quốc tế - kho vận…, giúp doanh nghiệp giảm đầu mối làm việc và tối ưu chuỗi xuất khẩu. InterLOG hiện có mạng lưới dịch vụ tại nhiều khu công nghiệp trọng điểm Bắc - Trung - Nam.

Bài viết trên đã cung cấp những thông tin về thủ tục hải quan xuất khẩu mới nhất hiện nay. Với kinh nghiệm thực chiến, am hiểu sâu quy định hải quan và hệ sinh thái logistics toàn diện, InterLOG cam kết mang đến cho doanh nghiệp quy trình khai báo hải quan xuất khẩu nhanh - chính xác - tuân thủ, giúp bạn tiết kiệm thời gian, hạn chế rủi ro và đảm bảo lô hàng luôn bắt kịp lịch tàu.
Nếu bạn đang tìm một đối tác đáng tin cậy để tối ưu thủ tục xuất khẩu, InterLOG chính là lựa chọn phù hợp nhất cho mọi doanh nghiệp từ SME đến tập đoàn lớn.
Liên hệ InterLOG ngay hôm nay để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ khai báo hải quan xuất khẩu trọn gói.