Báo cáo quyết toán hải quan là gì? 8 điều quan trọng cần biết

Báo cáo quyết toán hải quan là thủ tục bắt buộc với các doanh nghiệp nhập khẩu, xuất khẩu. Nắm vững cách lập báo cáo quyết toán hải quan giúp doanh nghiệp tự tin, minh bạch và vận hành xuất nhập khẩu trơn tru, không còn lo rủi ro hay sai sót.

InterLOG hiện cung cấp dịch vụ báo cáo quyết toán hải quan uy tín, chuyên nghiệp, với đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm luôn theo sát, hỗ trợ doanh nghiệp nâng cao nghiệp vụ và thực hành thành thạo trong lĩnh vực hải quan.

1. Báo cáo quyết toán hải quan là gì? Doanh nghiệp nào cần làm?

Báo cáo quyết toán hải quan là tài liệu tổng hợp thông tin về sử dụng nguyên vật liệu, vật tư nhập khẩu và hàng hóa xuất khẩu trong các doanh nghiệp chế xuất, gia công hoặc sản xuất hàng xuất khẩu, nhằm phục vụ việc kiểm tra, giám sát và hoàn tất thủ tục hải quan.

Đối tượng chính cần thực hiện báo cáo quyết toán hải quan là các doanh nghiệp chế xuất, gia công, sản xuất xuất khẩu. Các doanh nghiệp này thường nhập khẩu nguyên liệu miễn thuế để sản xuất hoặc gia công hàng xuất khẩu.

Việc chuẩn bị báo cáo quyết toán hải quan đầy đủ giúp doanh nghiệp được miễn thuế nhập khẩu và hưởng các ưu đãi khi xuất khẩu. Đồng thời, báo cáo này cũng giúp cơ quan hải quan và doanh nghiệp đối chiếu số liệu nhập - xuất - tồn nguyên vật liệu, đảm bảo minh bạch, chính xác và tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật.

2. Quy định mới nhất về báo cáo quyết toán hải quan 2026

Để thực hiện báo cáo quyết toán hải quan đúng quy định, khách hàng cá nhân, doanh nghiệp cần nắm rõ việc kê khai, nộp báo cáo và hồ sơ cần có để được áp dụng các ưu đãi về thuế. 

Hiện nay, Báo cáo quyết toán hải quan được áp dụng theo Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi Điều 60 của Thông tư 38/2015/TT-BTC. Theo đó:

- Thời hạn nộp báo cáo được quy định như sau:

• Chậm nhất 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính (với doanh nghiệp thường niên). 
• Hoặc trước khi doanh nghiệp tiến hành hợp nhất, sáp nhập, chia tách, giải thể hoặc thay đổi nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu/vật tư.

Lưu ý: Trong vòng 60 ngày kể từ khi nộp, nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp được phép sửa đổi, bổ sung. Sau 60 ngày mà phát hiện lỗi, nếu đã bị cơ quan hải quan phê duyệt hoặc kiểm tra có thể bị xử phạt.

- Cách thức nộp báo cáo: 

• Cá nhân hoặc doanh nghiệp có thể nộp qua hệ thống điện tử của cơ quan hải quan.

Việc nộp báo cáo quyết toán hải quan đúng hạn và chính xác không chỉ để hưởng ưu đãi thuế mà còn giúp doanh nghiệp tránh rủi ro kiểm tra sau thông quan, thanh tra, đảm bảo minh bạch với cơ quan quản lý.

3. Bộ chứng từ và dữ liệu cần chuẩn bị khi lập báo cáo

Khi lập báo cáo quyết toán hải quan, cá nhân hoặc doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ và dữ liệu liên quan đến nguyên vật liệu nhập khẩu, vật tư, phế liệu, phế phẩm và thành phẩm xuất khẩu.

Các tài liệu/ chứng từ gồm:

• Sổ sách kho, kế toán liên quan nguyên vật liệu nhập khẩu, vật tư, phế liệu, phế phẩm, thành phẩm xuất khẩu.
• Tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu/vật tư và tờ khai xuất khẩu thành phẩm (nếu có). 
• Hợp đồng mua nguyên liệu: invoice, packing list, chứng từ theo dõi nhập - xuất - tồn. 
• Báo cáo nội bộ: định mức tiêu hao nguyên liệu, bảng kê nhập - xuất - tồn kho, bảng lượng phế liệu/phế phẩm, bảng hao hụt nếu có. 
• Đối với doanh nghiệp có miễn thuế nhập khẩu: phải chứng minh sử dụng nguyên liệu/vật tư đúng mục đích, không bán hoặc chuyển đổi mục đích. 

Khi chuẩn bị đầy đủ chứng từ và dữ liệu sẽ giúp khách hàng đảm bảo minh bạch, dễ dàng đối chiếu số liệu với cơ quan hải quan; đồng thời tránh rủi ro bị kiểm tra, xử phạt hoặc mất ưu đãi thuế.

4. Quy trình thực hiện dịch vụ báo cáo quyết toán hải quan của InterLOG

Để giúp doanh nghiệp thực hiện báo cáo quyết toán hải quan đầy đủ, chính xác và tuân thủ pháp luật, InterLOG triển khai một quy trình dịch vụ chuyên nghiệp. 

Quy trình này bao gồm 03 bước như sau: 

Bước 1: Khảo sát doanh nghiệp

• Chuyên gia tiến hành khảo sát thực trạng của doanh nghiệp: kiểm tra hồ sơ, sổ sách kho, kế toán, thông tin nhập - xuất - tồn nguyên vật liệu/vật tư, tình hình sản xuất - xuất khẩu, dữ liệu hiện có.
• Tiếp nhận nhu cầu cụ thể từ doanh nghiệp, ví dụ cần hỗ trợ lập báo cáo, xác minh định mức, quản lý kho/nhập - xuất - tồn.
• Thống nhất phạm vi dịch vụ cần thực hiện, phạm vi hỗ trợ và ký hợp đồng bảo mật thông tin (nếu cần).

Bước 2: Xây dựng chương trình & triển khai đào tạo

• Dựa vào kết quả khảo sát và nhu cầu thực tế, InterLOG xây dựng chương trình phù hợp cho doanh nghiệp: đào tạo nội bộ, hướng dẫn quy trình làm báo cáo quyết toán, cách quản lý nhập - xuất - tồn, cách lập biểu mẫu, quản lý phế liệu/phế phẩm, định mức tiêu hao.
• Chuẩn bị giáo án, tài liệu, công cụ cần thiết và tổ chức đào tạo tại doanh nghiệp theo thời gian và địa điểm đã thỏa thuận.
• Triển khai đào tạo cho nhân sự chuyên trách của doanh nghiệp (xuất‑nhập khẩu, kho, kế toán…), giúp đội ngũ này nắm rõ yêu cầu, quy định, quy trình và phương pháp lập báo cáo đúng chuẩn.

Bước 3: Đánh giá sau đào tạo & tư vấn hỗ trợ

• Thu nhận phản hồi từ doanh nghiệp/học viên để đánh giá hiệu quả, xem doanh nghiệp đã nắm vững quy trình hay vẫn cần hỗ trợ thêm.
• Hỗ trợ doanh nghiệp giải đáp thắc mắc, xử lý vướng mắc khi thực hiện báo cáo, đối chiếu số liệu nhập - xuất - tồn, lập biểu mẫu, giải trình nếu có chênh lệch, quản lý phế liệu/phế phẩm.
• Sau khoảng một quý thực hiện, đánh giá lại hiệu quả thực tế: kiểm tra số liệu, kiểm tra việc áp dụng định mức, sự phù hợp của quy trình nội bộ, từ đó tư vấn phương án điều chỉnh nếu cần.

Với quy trình trên từ InterLOG, doanh nghiệp có thể nắm vững, tối ưu việc quản lý nguyên vật liệu, giảm thiểu rủi ro và đảm bảo được hưởng các ưu đãi thuế trong xuất nhập khẩu.

5. Những sai sót phổ biến & rủi ro doanh nghiệp nên tránh

Trong quá trình lập báo cáo quyết toán hải quan, doanh nghiệp thường gặp phải một số lỗi phổ biến như sau:

• Nhập - xuất - tồn kho không khớp, thiếu đối chiếu định mức, tồn dư nguyên vật liệu không giải trình được.
• Thiếu chứng từ gốc, chứng từ kho, phiếu nhập - xuất - tồn, tờ khai hải quan. 
• Nộp chậm vượt quá thời hạn 90 ngày. Việc này gây ảnh hưởng đến doanh nghiệp, có thể bị phạt theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính.
• Sai sót trong áp dụng định mức tiêu hao, dẫn đến chênh lệch lớn không có căn cứ giải trình với hải quan.

Do đó, để hạn chế rủi ro, doanh nghiệp cần kiểm soát chặt chẽ số liệu nhập - xuất - tồn, duy trì chứng từ đầy đủ, nộp báo cáo đúng hạn và áp dụng định mức tiêu hao chính xác. Điều này không những giúp doanh nghiệp tránh bị xử phạt, mà còn nâng cao hiệu quả quản lý nguyên vật liệu, minh bạch hóa hoạt động sản xuất/ xuất khẩu và bảo vệ quyền lợi về thuế.

6. Chọn dịch vụ báo cáo quyết toán hải quan InterLOG - An tâm quy trình thông suốt, hiệu quả

Ngoài triển khai các bước thực hiện chuyên nghiệp, khi sử dụng dịch vụ báo cáo quyết toán hải quan do InterLOG cung cấp mang lại nhiều lợi ích cho khách hàng cá nhân & doanh nghiệp vì:

• InterLOG thường xuyên tổ chức các chương trình tư vấn và đào tạo chuyên sâu, được thiết kế riêng, giúp nhân sự doanh nghiệp nắm vững quy trình, yêu cầu pháp lý. 
• Chúng tôi có thể hỗ trợ doanh nghiệp giải quyết nhanh chóng các vấn đề phát sinh, nhờ mối quan hệ chặt chẽ với Cục Hải quan tại các khu vực.

Bên cạnh đó, InterLOG thường xuyên thực hiện các chuỗi sự kiện tư vấn, đào tạo khác nhau về các thủ tục hải quan cho doanh nghiệp tại nhiều tỉnh thành như: Đà Nẵng, Bình Dương, Hưng Yên,.... Các chương trình đào tạo xoay quanh các chủ đề như:

• Báo cáo quyết toán hải quan dành cho lãnh đạo
• Hướng dẫn thực tế lập biểu mẫu Báo cáo quyết toán hải quan, giải trình số liệu chênh lệch và cách khắc phục các lỗi khai báo thường gặp
• Quản trị rủi ro xuất nhập tồn trong Báo cáo quyết toán hải quan
• Giải pháp quản lý rủi ro phế liệu - phế phẩm trong Báo cáo quyết toán hải quan,...

Qua đó giúp doanh nghiệp tuân thủ đầy đủ quy định hải quan và có các giải pháp can thiệp kịp thời, đặc biệt trong bối cảnh các quy định liên tục thay đổi như hiện nay.

7. Những câu hỏi thường gặp về báo cáo quyết toán hải quan

Trong quá trình tìm hiểu về dịch vụ làm báo cáo quyết toán hải quan, bạn có thể gặp một số thắc mắc như:

7.1. Báo cáo quyết toán hải quan nộp khi nào? 

Theo quy định hiện hành, Thông tư 39/2018/TT-BTC (sửa đổi Thông tư 38/2015/TT-BTC) quy định rõ thời hạn nộp Báo cáo quyết toán hải quan như sau:

• Chậm nhất trong vòng 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính hoặc năm dương lịch (với doanh nghiệp không áp dụng năm tài chính).
• Hoặc phải nộp trước khi doanh nghiệp thực hiện việc hợp nhất, sáp nhập, chia tách, giải thể, hoặc trước khi chuyển nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên vật liệu, vật tư.

7.2. Nếu không nộp báo cáo quyết toán hải quan đúng hạn, doanh nghiệp có bị phạt không?

Có. Nếu doanh nghiệp, cá nhân không nộp Báo cáo quyết toán hải quan đúng hạn thì có thể bị xử phạt vi phạm hành chính. Cụ thể, theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP, quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan như sau:

• Đối với Doanh nghiệp: Áp dụng mức phạt từ 2 000 000 đồng đến 5 000 000 đồng, nếu không nộp Báo cáo quyết toán hải quan đúng thời hạn quy định. 
• Đối với Cá nhân: Áp dụng thì mức phạt tiền bằng ½ mức phạt tiền đối với tổ chức (căn cứ khoản 3 Điều 5 Nghị định 128/2020/NĐ-CP).
• Ngoài ra, những hành vi liên quan như không xử lý đúng thời hạn vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm,... cũng chịu mức phạt trong khung 2‑5 triệu đồng nếu vi phạm thời hạn.

7.3. Báo cáo quyết toán khác gì với báo cáo tài chính?

Hai loại báo cáo này có mục đích và nội dung khác nhau. Cụ thể:

• Báo cáo quyết toán hải quan là báo cáo liên quan đến việc sử dụng nguyên vật liệu nhập khẩu, vật tư và hàng hóa xuất khẩu của doanh nghiệp. Nội dung chính bao gồm: số liệu nhập – xuất – tồn, định mức tiêu hao thực tế trong sản xuất, và chứng từ xử lý phế liệu, phế phẩm. Báo cáo này nộp cho cơ quan hải quan để kiểm tra việc tuân thủ quy định về hải quan và thuế liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu.
• Báo cáo tài chính phản ánh tình hình tài chính, kết quả kinh doanh và dòng tiền của toàn doanh nghiệp. Nội dung chính bao gồm: báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh, bảng cân đối kế toán, báo cáo lưu chuyển tiền tệ và thuyết minh báo cáo tài chính… Báo cáo này phục vụ quản lý tài chính nội bộ, cơ quan thuế, cổ đông, nhà đầu tư và các cơ quan quản lý, giúp đánh giá sức khỏe tài chính và hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp.

Hy vọng thông tin từ bài viết trên đây sẽ giúp doanh nghiệp nắm rõ hơn về lợi ích, cũng như quy trình của dịch vụ báo cáo quyết toán. Hiện tại, InterLOG cũng là đơn vị uy tín, chuyên nghiệp đào tạo báo cáo quyết toán hải quan dành cho các doanh nghiệp sản xuất, xuất khẩu, chế xuất và gia công. Đẻ được tư vấn chi tiết về báo giá và lịch khai giảng khoá học/ dịch vụ, doanh nghiệp vui lòng liên hệ với InterLOG tại đây.